李世民可能也觉得对萧瑀有些刻薄，就又把他召回来委以重任，但是萧瑀还是本性不改，继续跟李世民的嫡系较劲，于是又被收拾了："坐与陈叔达忿争御前不恭，免……玄龄等小过失，瑀即痛劾，不报，由是自失，罢为太子少傅。"
四起四落的萧瑀最后被李世民彻底抛弃了："瑀以帝有所偏信，帝积久亦不平。足疾不入谒，帝曰：'瑀岂不得其所邪？'乃诏夺爵。"
一般来说，开国功臣死后，都应该得到一个不错的谥号--反正死人怎么表扬都不过分。但是李世民却不肯放过已经死去的萧瑀，贞观二十二年，萧瑀病故，"太常谥曰肃，帝以其性忌，改谥贞褊。"还好，谥号里有个贞字，比后来那个秦桧的"缪丑"强一些。
萧瑀换了主公换了天，后半辈子一直在坐过山车。但是萧瑀的起落，比起李渊更加信尊重亲近的裴寂来说，还算"一帆风顺"。
