杨秀清长期负责太平军的军政大权，史载：
秀全益深居不出，军事皆决於秀清，文报先白其府，刑赏黜陟皆由之，出诸王上。
洪秀全自从建立天王府后，基本上很少出宫。所有的军报、刑罚都是东王府处理，杨秀清看似太平天国的"二把手"，实际上他相当于总指挥官。而且，杨秀清还有一项特殊的权限，那就是"代天父传言"。杨秀清可以假借天父的名义来发号施令，洪秀全也没有权利阻止。
当胜利的成果越来越大时，杨秀清和洪秀全的权力就发生了碰撞，在加上其他有心人的煽风点火，洪秀全认为，杨秀清有"叛变夺权"的倾向。甚至有野史认为，在这个阶段，杨秀清向洪秀全要求，封自己为"万岁"。咋地？九千岁不够用了，还要再加一千岁？洪秀全最终爆发，密令北王韦昌辉屠杀东王府，杨秀清因此被害。
