清军以骑兵开路,步兵跟进。在激战之后,全城指挥侯峒曾投水自尽,举人张锡眉等抗清守城的组织者也都自杀身亡。李成栋不解恨,将侯峒曾尸体找到后,又斩其首。另两位守城的指挥黄淳耀、黄渊耀也死得从容而悲壮。城破时,黄淳耀正在城内一个寺庙中,黄渊耀赶到寺中告知其兄清军已经入城,两人平静地整理了袍服和儒冠,一同自缢于寺中。死前,黄淳耀还在墙壁上题写了一段文字:"呜呼!进不能宣力王朝,退不能洁身自隐;读书寡益,学道无成!耿耿不昧,此心而已。异日虏气复靖,中华士庶再见天日,论其世者,尚知予心。"
南门守将张锡眉得知城破后,偕妾投水而死。临死前写绝命诗一首:"我生不辰,侨居兹里。路远宗亲,邈隔同气。与城存亡,死亦为义。后之君子，不我遐弃。"守城将领龚用圆、龚用广则拥抱痛哭"我祖父清白自矢，已历三世。今日苟且图存,何面目见祖宗于地下?"说罢双双自溺而死。还有一些仁人志士不肯投降,或一人自杀,或全家就义。
本来清军攻占嘉定时,嘉定曾像南京等地一样"结彩于路,出城迎之"，大小官员百姓无不出城跪迎。嘉定总兵官吴志葵及一干民众响应起义并非为了反清复明之大义，也未做拥兵自立，称王道帝之私念。为什么全城官兵百姓会如此惨烈的拼死一战呢？
