最终，曾国荃攻破了安庆，在与太平军的作战中占据了主动。
清廷看到了曾国荃的勇武，所以，对他格外信任。同治元年，也就是1862年，清廷下令让曾国藩、曾国荃兄弟二人同时在江苏任职。按照以往的方式，为了防备结党营私，兄弟二人是千万不能在同一个省内任职的，两人对这个任命也感到尴尬。
可是，同治皇帝特意告诉曾国荃，国家多难，万事以振兴国家为重，不用刻意回避。清廷的知遇之恩令曾国荃甚为感动，他下决心要攻破南京。同治三年，也就是1864年，曾国荃率领大军包围了南京城。然后，他命令部下开挖地道，填埋炸药，想要将城墙炸毁。
为了确保万无一失，曾国荃亲自选出了一批敢死队员，势必要将太平军逼入绝境。六月六十六日，清军在曾国荃的指挥下，引爆了地道中的炸药，然后，从缺口处杀向了南京城。
