原因无他，怠政，用历史学家白寿彝的话来说便是：最后近三十年"万事不理"。在从万历十四年（1586年）开始，他便尝试着不再上早朝。先是说头晕，吃药也没用，就连祭祀太庙他都不去。不管大臣恳求、抱怨又或是谩骂，就是不上班，三十年如一日的躲在后宫不出来。大臣们虽然气愤，但是也不能真进后宫把皇帝大人拖出来批斗。
怠政的那28年，却没有人想要争夺他的皇位，因为权力依然牢牢的把控在他的手里。有才无德用来形容他是最合适不过，万历怠政到什么境界呢？缺官十分严重，万历四十七年，中央九部只有户部跟通政司有部长，刑部跟工部由其它部门代管，吏部、礼部和兵部只有章没有人。都察院跟大理寺甚至是没人没章，李廷机这可怜的大学士想辞职都不行，他递交了123次辞呈，干脆自己把自己解雇。
有人认为，明朝的灭亡正是因为他的怠政，不管是不是，他都有不可推卸的责任。后世一直在找他不愿意上朝的原因，或许是看烦了朝臣争吵？又或是真的懒？但三百年后，考古人员挖掘出万历的遗骨才发现他怠政的另一个原因。那就是万历身体真不好，通过尸骨来看，他的右腿比左腿短，说明他的生前患有严重的足疾。
