毕竟李莲英会讨慈禧欢心，而且几十年的陪伴感情，非同一般。所以不管是八国联军攻入北京，还是后来《辛丑条约》的签订让慈禧背负卖国贼的骂名，李莲英都是随其左右，不曾离开。1908年，慈禧病逝，李莲英向隆裕皇后献还了慈禧给予他的赏赐，并为慈禧守孝百天后，彻底隐退，离开了皇宫。
三年后，李莲英61岁，走完了他的所有人生路，死在了宫外。至于死因如何？至今是一个谜。李莲英之墓曾经被挖掘，提到了李莲英身首异处的真相，有学者认为是死于非命。
但在民间，又有不同的声音：有人说他是被革命党人所杀，众说纷纭，他的家人过继孙女的"权威说法"是得了痢疾才死的。
但是种种说法，最终都未能提供足够的证据来证明他的真实死因。
