8年后，朱元璋建立大明朝，官场分派系，当时最大的派系被称为"淮西党"，也就是李善长、徐达等朱元璋带出来的"老乡"们。另外一个阵营称为"浙东党"，以刘伯温为首的江浙一带元朝降臣为主，陈宁是镇江人，又是刘伯温的学生，很快成为浙东党的重要成员。
洪武二年，浙东和淮西两党矛盾不可调和，因为淮西党大部分都是兵痞子，居功自傲，知法犯法，刘伯温身为御史中丞，当然要弹劾这些人。很多淮西将士被朱元璋责罚，因此淮西人恨透了刘伯温。作为浙东党的骨干，陈宁每次被刘伯温委以重任，但是很奇怪的是，刘伯温每次要弹劾谁，朱元璋都会提前知道。即使是这样，刘伯温也从来没怀疑过陈宁。
洪武四年，刘伯温辞官，陈宁每个月都会来探望刘伯温。洪武八年，刘伯温病重，朱元璋派胡惟庸、陈宁两人来看望刘伯温。胡惟庸是奸臣，刘伯温最是看不起，好在陈宁也来了，刘伯温还算欣慰。谁知，刘伯温喝了陈宁和胡惟庸带来的汤药后，病的更重，很快去世。
