到了790年，君士坦丁六世已经是亲政年龄，但伊琳娜女皇丝毫没有还政儿子的意思，母子两人因此矛盾升级。虽然伊琳娜女皇很受尊敬和拥护，但在情在理她都要还政君士坦丁六世，所以伊琳娜女皇在多方压力下，还是还政君士坦丁六世。
君士坦丁六世虽然亲政，但是他非常不争气，一系列错误的决策令他民心尽失。到了公元797年，伊琳娜女皇在心腹部下的支持下发动宫廷政变，生擒了君士坦丁六世，并宣布废掉他的帝位，由自己来做拜占庭帝国的皇帝。至此，伊琳娜女皇成为伊苏里亚王朝第五代皇帝，也是欧洲历史上首位女皇帝。
伊琳娜女皇对自己的亲生儿子君士坦丁六世毫不客气，她不仅抢了帝位，还亲手刺瞎君士坦丁六世的双眼，并且把他软禁起来，断绝了他想夺回帝位的念头。
伊琳娜女皇虽然对儿子残忍，但她在位5年时间，对内文治对外武功都取得了杰出成就，拜占庭帝国在她的统治下仍然强盛，跟武则天一样是当之无愧的一代女帝。
