在审理中，反对汤若望者围绕历法、宗教传播等多方面进行指控，经过一番折腾，历法好不好用是一说，针对传教这件事就把汤若望拉下水了。
可能对于天主教在中国的传播大家都没有什么印象，但是一直有传野史说顺治曾剃度出家，就可以知道在清初的时候宗教的影响力有多大，正是针对于此，顺治帝死后，一些守旧的满清贵族开始针对这些宗教势力进行清算，不止是天主教，佛教等也受到一定程度的影响。
案件发生不久，汤若望就被革职，并且在各省范围内将传教士缉拿京城，并且将汤若望所在的天主堂的天主像销毁。
当年年底，刑部审理后给出意见，就是汤若望等人谋立邪教，编造新书，蛊惑重任，主张将汤若望凌迟处死。
当然，这只是一种意见，在随后的审理过程中，各部门意见出现分歧，以和硕康亲王等人经过审理后，认为汤若望按照罪当处死，但是念在为清朝效力多年，现在又年老多衰，可以免除死刑。
