李自成三番五次劝降吴三桂，而吴三桂的家眷也都在李自成手中，吴三桂也一度打算投降李自成。后来听说爱妾陈圆圆被李自成的部下掳走，一怒之下便放弃了向李自成投降的念头，他一面答应李自成，一面又向清军求援，多尔衮接到吴三桂的求援信后，急速行军抵达山海关外。李自成识破吴三桂假意投降后，杀掉了吴三桂父亲，又率兵攻打吴三桂，多尔衮趁机联合吴三桂一举击溃李自成，清军入关后又攻下了北京。
吴三桂在降清之初，仍与明朝残余势力保持着一定的联系，与其他降清的官员不同，吴三桂还拥有自己的部队，作为汉人，吴三桂始终都不认同清朝的统治。公元1659年，吴三桂攻下云南，为清朝确立了对全国的统治，吴三桂也获封平西王，镇守云南。之后清政府以云南没有军事行动为由，收缴了吴三桂的平西大将军的印信，剥夺了吴三桂在云南的司法特权，吴三桂也以苗蛮为由，扩军并索要军饷，他与清政府的矛盾更深了。
康熙帝对三藩很担心，于公元1673年下令撤藩，于是吴三桂杀掉云南巡抚，提出''兴明讨虏''，起兵叛乱。1678年，吴三桂在衡阳称帝，改衡州府为应天府，国号大周，此时他占领了江南大部分地区。在做了五个多月皇帝后，吴三桂在衡州皇宫病死，时年六十七岁。
吴三桂戎马一生，要是在和平年代，他可能是一名良将，明朝灭亡时，他更倾向于归附同为汉人的李自成，只是一怒为红颜，投降了清政府，后来背叛了满清，也许还是由于没有归属感吧。
