朱棣知道杨荣的意思，于是先拜了太祖陵，从此杨荣也深受朱棣重用。朱棣登基后，杨荣进入了文渊阁。
不久，宁夏被围，朱棣问杨荣如何应对，他说宁夏之围很快就会解除。因为宁夏城很坚固，百姓也善战，果然几天后奏报说宁夏之围解除了。
几年后，朱棣派杨荣去甘肃筹划军务。杨荣到了甘肃后，观察地形，了解军民情况，检查城堡，然后回奏朱棣。朱棣对杨荣的工作成绩非常满意，并亲自切瓜给杨荣吃，还升任杨荣为太子右庶子（书坊主官）。
朱棣五次北伐，都带着杨荣。第二次北伐时，杨荣担任的职责是给朱瞻基讲书，并掌管皇帝玉玺，杨荣还提出用军屯来解决粮草问题，得到朱棣的赞同。
