之后在光绪二十四年（1898年），"戊戌变法"惨遭失败，慈禧太后盛怒之下将光绪囚禁在了中南海瀛台，此后光绪的皇帝日子更加不堪。在光绪临终前的4个月中，各地举荐的名医也进宫与其他御医一起参加诊治，其中包括杜钟骏、张彭年、周景涛等。但是光绪的病症实在太多太杂，在最后的一个多月，光绪腰痛极其严重，御医们心里明白皇帝已经病入膏肓，不仅绝不敢说出，甚至还在病案中加以隐瞒。杜钟骏在《德宗请脉记》中记述了参与抢救光绪的事情，在记述每日诊疗病簿时，自认为"予于案中有实实虚虚，恐有猝脱之语。"他预见到光绪之病危在旦夕，但内务大臣们认为这样会吓到皇上，不允许他照实记述。杜钟骏只好在当天医案中删去了"此病不出四日，必出危险"的字样。
在一九零八年十一月二十一日的中午，光绪"若有若无，目直视，唇反鼻扇，阳散阴涸"（脉搏似有似无，眼睛直视，张嘴倒气儿）。夜半，光绪帝进入弥留状态，延至酉刻，终于"龙驭上宾"，与世长辞。做了近十年"无枷之囚"的光绪皇帝死在了荒凉的瀛台。
在100年后的现今，2008年11月2日，在用法医学的手法历时5年研究之后，国家清史编纂委员会在北京举行清光绪帝死因研究工作报告会，正式宣布其死于急性砒霜中毒。科学检验出光绪的头发中含过量的砷，这足以证明其生前服用了大量砒霜，至于是谁主谋的，我们不得而知，只有无尽的猜测。那么光绪死后慈禧在干什么呢？据《慈禧外记》载：西历1908年11月15日太后仍于六点钟起床，处理朝政。＂至午时太后方饭，忽然晕去，为时甚久＂，＂其根则由于夏间病痢太久，体气大伤也。＂
