虽然两度获罪，琦善在京中人缘却一直很好。回到北京后，会审人员只寻"微琐细事"令琦善回答，实际是为他开脱罪责。刑部尚书恒春甚至要将举报人萨迎阿的四名下属当做罪犯抓来，与琦善一同审讯。这明显是违反大清律的。然而对这个建议，满朝无人反对。只有当时兼属刑部侍郎的曾国藩挺身而出，拍案而起，说：
琦善虽位至将相，然既奉旨查办，则研鞫乃其职分;司员职位虽卑，无有传入廷尉与犯官对质之理。若因此得罚，将来大员有罪，谁敢过问者?且谕旨但令会审琦善，未闻讯及司员，必欲传讯，当奏请奉旨然后可。
就是说，琦善虽然权高位重，但既然奉旨查办他的罪行，则自然应该以罪犯待之。举报他的那几个司员官位虽低，现在也仍然是朝廷命官，怎么能像罪犯一样抓来当堂对质?如果举报者被这样对待，将来再有大员犯罪，谁敢过问?况且皇帝只命会审琦善，并没有命令兼审其司员。如果一定要传讯司员，那必须先请旨。
曾国藩"词气抗厉"，"四坐为之悚动"，刑部尚书恒春不得不取消了这个动议。慑于曾国藩的刚直，咸丰二年四月，琦善被革职，发往吉林效力赎罪。
