对于漠南蒙古，清朝的统治策略有二，第一是通过联姻完成利益捆绑。漠南蒙古诸部外嫁了不少贵族女性，比如著名的孝庄太皇太后就是来自内蒙的科尔沁草原。不少蒙古贵族由此成为清廷的外戚、高官。这么巨大的利益捆绑，漠南蒙古定然不会再造反。
第二是采取行之有效的制度来约束。清朝管理漠南蒙古，靠的是札萨克制度，也就是所谓的盟旗制度。盟旗制度强调把原有部落重新排列组合，改编为旗，并改变蒙古人世代逐水草而居的习惯，强行为其划定牧场，过定居生活。旗分两种，一种为直属旗，由清朝派官员直辖，称内属蒙古，与内地州县无异，另一种为分封旗，由清廷指定分封给蒙古各部贵族来担任旗长，即札萨克，并授予他们亲王、郡王、贝勒等爵位，称外藩蒙古。
此时的漠北蒙古，也就是喀尔喀蒙古则与清朝比较疏离，他们见清朝比较厉害，于是上表臣服，成为藩属，仅此而已。
