但纸包不住火，6年后，忽必烈发现杨琏真迦涉嫌私吞盗挖的宋陵宝物，将其抓捕斩首。在抄家时，忽必烈发现了宋理宗的人骨酒碗。忽必烈一度也不知道该如何处理，最终转送给帝师八思巴。根据藏传佛教来说，骷髅杯一直存在，嘎巴拉碗就是用人的骷髅做成的碗。直到元朝灭亡，此碗都掌握在喇嘛僧人手上。
直到元朝末年，朱元璋攻入元大都，在与元朝翰林危素的沟通中得知了宋理宗头骨酒杯的事情，于是就开始寻找这个头骨酒杯，以高价从西域僧人汝纳处买回了宋理宗的头盖骨。洪武三年，朱元璋派人将宋理宗的头盖骨安葬在绍兴永穆陵。朱元璋之所以对找回宋理宗头骨酒杯这么上心，主要还是挽回民族尊严，另外就是增加明朝的正统性。
但实际上可能从杨琏真迦到忽必烈以及西藏喇嘛，甚至还有朱元璋可能都被骗了，这个头骨酒杯极有可能是假的，因为在杨琏真迦掘墓的时候，是先将尸骨乱扔的，这个时候有个汉人叫唐珏，他收敛了南宋皇帝的尸骨。
《宋人轶事汇编·卷十九》记载：南宋皇帝的尸骨被抛撒在荒野以后，唐珏自己出资召集了一部分人收敛了六陵的尸骨埋在宝山之阴天章寺前，种上冬青树，以为标志。唐珏还找来了一些其他的尸骨做掩饰，当杨琏真迦要收集宋理宗的尸骨的时候，部下已经找不到了，只好找了在地上的尸骨，加上牛骨等给了杨琏真迦。
如果这则记载是真的，那么宋理宗头骨酒杯可能就是假的，而真的宋理宗的尸骨已经被埋起来了。只不过《宋人轶事汇编》是清朝末年编成的，其中的内容不可以尽信，也不可以不信，或许要等待更多的考古发现才能证实了。
