守住了南昌城，咸丰皇帝给了陈孚恩以头品顶戴，后官至兵部尚书，然而，好景不长，咸丰皇帝的死，给陈孚恩带来了沉重的打击，正所谓"一朝天子一朝臣"是也。当时，戴恒、肃顺等所谓"顾命八大臣"力阻慈安、慈禧皇太后垂帘听政，暴发著名的"辛酉政变"被一锅端去，陈孚恩被慈禧定性为肃顺死党，被捕入狱，籍没其家，追缴回宣宗所赠匾额，被革职发配新疆伊犁戍边，伊犁被叛军攻陷时，陈孚恩及其家人同殉难。
陈孚恩作为一个清朝重臣，陈孚恩不仅仅有政治才干，还留下了书法美名，以致今人能得其传世墨迹而"宝之若拱璧"。清李玉棻《瓯钵罗室书画过目考》中认为，陈孚恩书法董其昌，与祁寯藻、赵光、许乃普称"清四书家"。清窦镇《国朝书画家全录》提到祁寯藻时，也称祁"与陈孚恩、许乃普、赵光为四书家"。其书法"秀逸、古淡、率性、圆熟、严谨、圆厚、劲挺，别具美感。
虽然陈孚恩能力很出众，但为人很喜欢钻营取巧，是政治上的一个投机客。在道光朝，陈孚恩阿附军机大臣穆彰阿，排挤林则徐等人，得到穆彰阿的保荐重用。到了咸丰朝，陈孚恩又倒向了肃顺一派，没想到这次政治投机站错了队，造成非常恶劣的影响。导致在京的江西人，都或多或少受陈孚恩事件的牵连，不被朝廷所信任。自此江西再无三品以上京官，陷入自北宋以来，第一次出现朝中无人的状态。
而处境截然相反的是曾国藩和他的战友们，湘军期间，曾国藩大约保举推荐了47000余人，其中督抚44人，提督、总兵共50人。自此湖南军政人才辈出，七大总督，湖南人据其六。可谓是"万物昭苏天地曙，要凭南岳一声雷"，整个太平天国之战，让湖南赢得了天下。然而，晚清官场江西人由于陈孚恩倒台，自然便黯然失色颓丧至此，曾国藩称他这个带头大哥不得辞其责是有道理的。
