其次朱棣将边疆的藩王改封到内地，此举是为了削除这些藩王手中的兵权。朱元璋当初分封了很多藩王到边疆去戍边，戍边自然需要大量的军队，朱棣当初也是戍边的藩王之一。为了不让这些"边疆王"学自己靖难，那么将他们封到内地就是最好的办法，不需要戍边自然就不用给他们兵权了，其中宁王就是最好的例子。
朱棣在起兵时曾对宁王朱权许诺"事成之后，平分天下"。不过这自然是不可能的。朱权的封地本来是大宁，隶属辽阳行省，在东北。朱棣即位后朱权请求改封到南方，并且还指明自己要苏州，不过朱棣以"苏州属于畿内"的理由拒绝了，后朱权又要钱塘（今浙江杭州），朱棣又以"先父将它赐给五弟，终无结果。建文帝无道，在钱塘封其弟为王，也未能享受"为由，暗指钱塘不适合，又拒绝了朱权。最后朱棣让朱权在建宁（今福建建瓯）、重庆、荆州、东昌（今山东聊城）四个地方中选一个，这四个地方比起苏州和钱塘可是差远了。朱权当然不愿意，最后朱权被封到了南昌。本来实力与朱棣不相上下的朱权就这样被暗地里削了藩，虽然明面上封地比原来的大宁好多了，但手中的兵都没了，郁郁不得志的朱权只好寄情于山水之间、托志于琴棋书画之中，好在最后得了个善终，还活到了明英宗朱祁镇的正统十三年。
朱棣暗地里的削藩举措还远不止此。鸡蛋里挑骨头似的找藩王的错误以严惩他们，架空其权力，又或者直接废除。像辽王朱植、代王朱桂、岷王朱梗就因为一些不知道真假的参奏被削去了护卫配置，刚恢复王号不久的齐王又因卜卦、信奉鬼神再次被朱棣废除。朱棣明白不能公开削藩，所以私下对这些藩王十分严厉，犯一点错误就要被朱棣拿来当借口削弱他们的势力，以降低藩王对皇权的威胁。也是可怜了这些藩王在建文一朝活得胆颤心惊，好不容易迎来了一个藩王出身的皇帝，结果还是要活得小心翼翼。
