韦昌辉虽然大肆屠杀东殿旧部，但在天京的卫戍兵力有三万余人，大多数控制在杨秀清部下手中，而韦昌辉只带了3000人回来，韦昌辉为了占据主动权，让燕王秦日纲派人到江苏句容去搬取援兵，只有自己的嫡系部队才可靠。这时，东殿尚书傅学贤在屠杀之中逃出城外后，聚集了东殿旧部为杨秀清复仇。为了平息将士们的愤怒，安慰杨秀清的旧部，洪秀全下诏对韦昌辉和秦日纲进行惩罚，决定对其杖责四百，并请东殿将士现场观看行刑。
谁知道，韦昌辉和秦日纲定下毒计，准备借行刑之际，趁观刑的将士不能带兵器时，对他们进行屠杀。韦昌辉在刑场事先埋伏杀手，在杖刑刚刚开始不久，就下令展开大屠杀，一次杀掉了近六千人。随后，韦昌辉又在天京城展开第二次大屠杀，时间长达两个月之久，导致两万多太平军将士死于非命。而此时的洪秀全已经完全无法控制局势，对韦昌辉的疯狂行为也是束手无策，只求自保了。
和韦昌辉同时接到勤王诏令的石达开，并没有像韦昌辉那样急于赶回天京，而是在赣皖等地逗留观望了近20天，在得知杨秀清已经被韦昌辉杀掉后，才赶回天京，而且他不像韦昌辉那样带着几千亲兵，而是只带了两名亲信。等石达开进入天京后，看到的是河水如血、浮尸敝江的惨景。石达开对韦昌辉进行劝阻，并质问他："四兄以下何罪，何得尽戮？"韦昌辉答道："我有二兄密诏，为国除害，名正言顺。"
