黄巾起义爆发，曹操第一个招募义士讨伐黄巾军，受命讨伐颍川的黄巾军，结果以少胜多，大破黄巾军，斩首数万，为东汉朝廷平定黄巾之乱立下汗马功劳，因功迁任"济南相"，在任期间"政教大行，一郡清平"。朝廷准备任命曹操为东郡太守，但是必须迎合权贵，他不屑于与权贵同流合污，于是放弃唾手可得的太守职位，辞官归乡。当时冀州刺史王芬准备废灵帝，立合肥侯，曾经拉拢曹操加入，曹操严词拒绝。
群雄讨董联盟名存实亡之际，曹操孤军深入
汉灵帝驾崩以后，大将军何进不顾曹操劝阻，令并州牧的董卓进京讨伐十常侍，然而事情泄露，何进被诛杀，虽然袁绍、曹操等人及时进宫，诛杀了十常侍。但是，董卓此时也已经兵至洛阳，迅速控制朝廷。董卓废除少帝刘辩，改立献帝刘协，曹操见董卓倒行逆施，残暴不仁，于是设法逃离洛阳到陈留。到了陈留以后，"散家财，合义兵"，号召天下诸侯讨伐董卓，当讨董联盟各怀鬼胎，名存实亡之际，又是曹操率军独自西进，进攻董卓，孤军深入至荥阳汴水，中徐荣埋伏，再加上兵微将寡，几乎全军覆没。曹操本人中箭，战马受伤，九死一生，幸好有从弟曹洪相救，才幸免于难。
