民国十年（1921年）末，包括罗振玉整理出档案在内，故宫内所有的大内档案被分成两批变卖了。第一批总重十几万斤，主要是明朝永乐至万历年间的档案。这一批的买家是十多个商人，他们合伙凑了3000块银元，买走了。第二批是从崇祯年间到宣统年间的档案，重约15万斤，被北京一个纸店掌柜程运增买走了。
罗振玉得知这一消息之后，立刻找到程运增，愿意高价收回他手上的所有大内档案--其中有一大半，已经被运到造纸厂，准备销毁化浆，重新造纸了。
罗振玉倾家荡产，再一次保住了大部分的档案。
因为生活窘迫，罗振玉又把部分档案转卖给了另一位收藏家，此后，大内档案不断地转手买卖，其中也有不少损毁丢失。
1951年故宫博物院文献馆改为档案馆，成为专门收集、整理档案的机构，北京大学收藏的内阁档案和故宫所藏内阁档案合在一起。中国第一历史档案馆成立之后收集到了一千多万件大内档案，开始进行庞大的整理研究工作。
幸好，当时没有一把火把他们全部烧了，这些珍贵的历史资料为我们研究明清史起到了重大的作用。
