两年后八国联军攻入北京，慈禧太后带着光绪帝逃往西安，出逃前她让人给珍妃传旨意，以"洋人进城，以免受辱"为由，让珍妃投井自尽，接到旨意的珍妃不服，找到慈禧大吵大闹，慈禧恼羞成怒命人将珍妃投入井中，将其淹死，让后出城西逃。
一年多后，慈禧返回北京，命人将珍妃的遗体从井中捞出，葬于崇陵妃园，而淹死珍妃的井也被后人称为珍妃井。珍妃的姐姐瑾妃为表示为逝去妹妹的悼念在此井附近的怀远堂为其立牌。
现在珍妃井口有井口石，井口石中有横穿的铁棍，以示禁止使用，四周以铁栏保护。但是前来游览的游人时常会发现一个问题，井口如此之小恐怕连个小孩子都不可能塞进去，当年是怎样将珍妃推下去淹死的？原因其实不难，以前的井口是非常大的，经过多年岁月的洗礼，井口多少有了改动，现在我们看到已经不是当初的井口，所以让人产生误会。
