不过在拿下和田之时，左宗棠心里却犯了嘀咕。他发现城里有很多的外国人，其中有阿拉伯人，有英国人，人数最多的当是一些叫不出名字的人足足有5000之众。
左宗棠当即上报朝廷，问询该当如何处置。慈禧太后也不知如何是好，决议让左宗棠先查清他们来自哪里，又缘何有如此之多。
在多方考证下，左宗棠知道了他们是印度人，都是阿古柏招徕的。得知消息以后，清军将士们异常的愤怒，决议把阿古柏从坟墓里拖出来鞭尸。
古人讲究死者为大，若不是不共戴天之仇恨，一般不会这么对待逝去之人。可阿古柏的尸体却"帕夏大冢，即予平毁"，就连左宗棠也是事后才得知的消息。
