随着太平天国运动的失败，清朝打算进行洋务运动来谋求一条新的道路，但树欲静而风不止，19世纪中叶，英、俄两国在中亚争夺殖民地，双方都觊觎着新疆这块地方，此时的新疆清军兵力只有1.5万人，1865年（同治4年）中亚浩罕汗国军事头目阿古柏在英国的支持下率军侵入新疆，建立了伪政权，同年十月，沙俄也不甘落后，派兵攻占伊犁地区，此时的新疆面临着被瓜分的威胁。
此时的清朝正在讨论，财政拮据、东部海上强敌、西部新疆问题，经过一番争论，清廷打算拿有限的资金来增加海防建设，李鸿章也表示："新疆乃化外之地，茫茫沙漠，赤地千里，土地瘠薄，人烟稀少。乾隆年间平定新疆，倾全国之力，徒然收数千里旷地，增加千百万开支，实在得不偿失。依臣看，新疆不复，与肢体之元气无伤，收回伊犁，更是不如不收回为好。"看到这种情况，左宗棠坐不住了，左宗棠立刻站了出来大声说道："我师退一步，则俄人进一步。放弃新疆就等于自撒藩篱"，后清政府还是采纳了左宗棠的"塞防"意见，同时认命左宗棠为钦差，全权负责新疆收复问题。
