诸葛亮回到成都后果断处理李严，但考虑到李严还有很多党羽潜伏在朝廷里，假如不进行运输升级的话依旧有很大的安全隐患。为了彻底杜绝这种现象，于是诸葛亮命益州的工匠们设计一种运输车，然后自己在这种运输车上改良，终于得到了木牛流马这个最终成品。历史上记载木牛流马"木牛者方腹曲头，一脚四足，头入颔中，........厚一寸四分，同杠耳"。拿它运粮八石，只需一人，能走数十里。
而诸葛亮有了木牛流马之后再也没有遇到补给困难的问题，第三次北伐战争在渭水南岸和司马懿对峙了很长时间；第四次北伐战争又出兵攻打陇西，双方互有胜负；第五次北伐战争更是把司马懿三父子逼近绝境，差点用一把火结果了他们的性命，但突然天降大雨救了司马懿三父子一命。可惜这场战争不久后诸葛亮就病逝五丈原，而后来木牛流马也被弃用。
木牛流马被弃用的原因主要有两点，第一点是刘禅取消了北伐战略，木牛流马无用武之地。诸葛亮临终前和刘禅交接权力，刘禅在他死后撤掉了丞相这一职务，改用大将军和大司马负责军政，然后再信任的大将军蒋琬在汉中督战，但不允许主动出击，而是进行被动防御。从蒋琬接手到后来的王平、费祎等人都一直延续着这项防御政策。没有战争需求，木牛流马也就用不上了。
第二个是蜀汉在汉中采用屯田政策，粮食可以自给自足。原来早在诸葛亮第四次北伐时期就已经在汉中测试了屯田政策，而且效果出奇的好。等蒋琬等人掌权后继续扩大汉中屯田，单单汉中一地的产粮就可以支持前线的所有补给，蜀汉再也不用从成都千里迢迢运粮到汉中，木牛流马随之被放弃。
