一直到清军入关后洪承畴才开始被清廷重用，以太子太保、兵部尚书衔，列内院佐理机务，翌年赴江南任招抚南方总督军务大学士。洪承畴帮助清廷灭掉南明中最有势力的弘光政权、福王朱由崧。清军攻下南京后，改南京为江宁府，派洪承畴为江南总督，招抚江南各省。洪承畴总督军务，招抚江南，经略西南。他工作十分卖力，劳累得几乎双目失明，为清军平定江南立下汗马功劳。也镇压屠杀许多江南抗清义军，斩杀了拥护明王室内的义士，如左佥都御史金声、大学士黄道周、明宗室长乐王朱谊石等领导的抗清武装皆被其歼灭，洪承畴的所为遭到抗清人士的一致唾骂和谴责，连他的母亲和亲弟弟洪承畯也面责他不忠。但他的官却越做越大，顺治十年（1653年）时，他已经是太保兼太子太师，弘文院大学士、兵部尚书，经略西南五省军民的封疆大吏。但此时的洪承畴已经是年过六十，因年老体衰、目疾加剧，对政务也越来越力不从心。
顺治十八年（1661年）五月，洪承畴疏乞休致，四年后病死于北京，时年七十三岁，清廷恩赐祭奠如制，谥文襄，清朝的皇帝在用完这个为他打江山，出主意的大忠臣之后，只给了他一个三等轻车都尉（位列公、侯等五爵之后）的世职就把他的功劳给打发了，洪承畴牺牲名节、效力20年、几经大战引导清朝坐稳江山，只换来了小小的轻车都尉，不得不说是一个巨大的讽刺。他死后，他的后人当然也没有得到更多的关心和关注，惟一的儿子洪士铭也只做到了太常寺少卿（正四品）的官职。这还不算完，过了近百年后的乾隆帝时期，乾隆帝"崇奖忠贞"，"风励臣节"，下诏将这些降清的汉人打入另类，下令编纂《钦定国史贰臣表传》即《贰臣传》中，洪承畴当然榜上有名。
洪承畴是一位比较复杂的历史人物，历来对他的评价褒贬不一。他是明朝重臣，深受崇祯帝信任，松山之败后降清，又沦为贰臣。而洪承畴的最后岁月，也是笼罩在屈辱和尴尬之中的，不知道彼时行将就木的他是否会悔不当初？真是可悲、可叹！近年来，不少所谓洪氏后人为了美化自己的祖先，写出不少赞扬洪承畴的话来为其翻案，并隆重纪念洪承畴诞辰。
但是非功过，也只有留待诸君评说！！
