关于这个问题，我们需从以下几个方面来进行分析：
其一、就是皇位的争议上。都知道，君王作为封建王朝的领袖，无疑对整个国家的走向和发展，起着至关重要的领导作用。当时，在北宋濒临灭亡之际，其皇室成员虽被尽数屠戮，但却留下了九皇子赵构。作为唯一的正统继承人，赵构不仅借金人之手消灭了朝中的竞争对手，还间接壮大了自己的势力。可以说，是赵构的存在，给了宋王朝重新立国的希望，只要他活着，南宋便不会失去抵抗的旗帜。
可是，反观明廷我们便会发现，自亡国之君朱由检自缢后，国家便失去了正统的继承人。众所周知，明王朝推行的是权力分封的"藩王"制度，即：君王会将众多皇子分封于各地，实现所谓的"分权"。此举虽然能够避免皇权过于集中，但是，却间接导致了皇位继承人的资格分散。就拿崇祯皇帝来说，他的三个儿子虽是割据一方的藩王，但却都在战乱中不知所终了。
于是，在天子殉国后，"南渡"的明廷便失去了合法的继承人。然而，根据祖训，"有嫡立嫡，无嫡立贤"。于是，南明朝堂上的文武百官们因为意见不合，选出了一大堆继承人。彼时，光宗长子一脉已后继无人，唯有三子朱常洵的长子朱由崧健在，此为第一人选。但是，以钱谦益为首的东林党人却支持潞王朱常淓，而以史可法为首的势力集团则秉持"立长又立贤"的宗旨，坚持拥戴朱常瀛。
最终，像常见的豪门争斗戏码一样，明廷内部一下出现了多名皇位继承人，二十年间换了三位君王。可见，正是因为缺少统一的领导和旗帜，南明才渐渐失去了同清朝抗衡的能力。
