在清军和吴三桂的夹击下，李自成的农民军自然不敌，很快就仓皇逃离北京，在战乱中，吴三桂再次寻得陈圆圆，此后陈圆圆一直陪伴在吴三桂左右，在吴三桂为清朝平定云南后，陈圆圆才终于不用住在军营，而是住进了平西王府。1678年，吴三桂在反清期间肝火过盛，突然得了"中风噎嗝"的病症，太医百般调养仍旧不行，最后吴三桂在衡阳驾崩，享年67岁。
吴三桂去世后，陈圆圆因为和吴三桂的正妻不和，于是就遁入了空门，当了一名尼姑，当然民间还有很多说法，有的说辛酉破城的时候，陈圆圆就病死了，也有说陈圆圆为了不使吴三桂绝后，便带人早早的隐匿在了今天的马家寨，现在的马家寨有170户人900多人，全部姓吴，据说他们都是吴三桂和陈圆圆的后裔。
