在1855年之前，太平军水师与湘军水师在长江沿岸进行拉锯战。由于湘军水师船只少，经验不足，屡吃败仗。在靖港水战和湖口之战中，湘军主帅曾国藩两吃败仗，羞愧得差点自杀殉国。那时候，太平军水师占据了长江中游地带的控制权。
可是，随着湘军水师的日益壮大，太平军水师逐渐丧失对长江中下游的控制权。1863年11月10日，戈登率洋枪队"常胜军"进攻苏州时，唐正财奉命率部驰援，在无锡梅村太湖的战斗中不幸中弹战死。至此，太平军水师彻底解体，黯然退场。
太平军水师被后来居上的湘军水师干掉，既是造化弄人，也是历史必然。太平天国的统帅们，根本就没有把水师当作一支独立的作战部队来打造。
按照太平天国给水师的定位来看，太平军水师只是负责江河作战的保障任务，协助陆师作战。这就意味着，太平天国不会在水师上投入更多的资源，来购买、建造舰船，配备新式武器，训练水师队伍。太平军水师只好使用民用船只，改造成战船，武器简陋不堪。所招募的水师队伍，多数只能驾驭船只，不懂得如何与敌人进行水战。
打仗少不了磨损。太平军水师缺乏后勤保障，船只打坏一只，就减少一只，没有补充。
