1691年，康熙在多伦诺尔举行会盟，标志着漠北蒙古喀尔喀四部正式并入清朝版图。虽然清朝仿照漠南蒙古模式对漠北蒙古实施盟旗制度的"自治"模式，但清朝对蒙古高原的统治力度前所未有，一直持续到1911年辛亥革命爆发。
在长达200多年的时间里，为加强对漠北蒙古各部的统治，清朝统治者在漠北地区全面推行盟旗制度，杜绝各部逐水草而居，大大降低蒙古各部的抗天灾能力；而且无法游牧的喀尔喀各部近亲结婚盛行，性病流行，新生儿存活率大大下降；
除此之外，清朝统治者还在蒙古高原大兴黄教，大兴土木修建喇嘛庙，并要求蒙古各部新教。黄教的盛行，使蒙古各部日益贫困，且因为信教人数的激增，蒙古各部家庭人口越来越少，劳动力锐减的蒙古生产力水平每况愈下。
不仅如此，清朝还鼓励晋商等深入蒙古腹地进行经济掠夺，使蒙古各部长期处于负债状态，生活水平徘徊在温饱线上。
