朱棣进入南京后，起初打算宴请天下士人景从的名士方孝孺起草即位诏书，为自己脸上贴金。但方孝孺非但严辞拒绝，还为建文帝穿孝痛哭，并怒斥朱棣，最后被处以割舌和寸割的磔刑，并遭诛灭九族及其门生，号为"十族"，共873人。
兵部尚书铁铉不屈，被割了耳朵，又割了肉烧了塞到嘴里让他自己吃，还问他"甘否"。铁铉说："忠臣孝子之肉有何不甘!"至死骂不绝口;户部侍郎卓敬不屈，临刑时神色自若，灭三族;礼部尚书陈迪不屈，朱棣派人把他儿子捉来杀掉，并割其鼻，强塞给陈迪吃，陈迪唾向刽子手，骂得更凶，终于被凌迟处死，宗族被戍者180余人;刑部尚书暴昭不屈，"先去其齿，次断手足，骂声犹不绝，至断颈乃死";左佥都御史史景清，因刺杀朱棣不成，被"抉其齿，且抉且骂"，含血喷了朱棣一身，朱棣下令"剥其皮、草椟之"，"碎磔其骨肉";右副都御史练子宁，被逮后语不逊，"命断其舌，磔死，宗族弃市者151人，九族至亲被抄没戍远方者数百人"……
历史资料没有留下因受"建文奸党"株连而被处死、监押、流放和遭受其他迫害的无辜士大夫和老百姓的具体数字，但最保守的估计，恐怕也在万人以上。这个"雄武之略，同符高祖"的明成祖，其剪除异己、压制独立思想的手段之酷烈，较之乃父有过之而无不及!
最著名的例子还是要数方孝孺案了。
