正史中的秦琼比演义小说中的秦琼还勇猛，人们很想看到"关公战秦琼"，就是因为秦琼跟关羽一样，都是可以在万马军中取上将首级如探囊取物的超级猛将。
当然，秦琼也有不如关羽的地方，那就是关羽是一方主帅，而秦琼则是单挑悍将--正史中的秦琼并没有当过天下都招讨兵马大元帅，他最大的军职，是左武卫大将军。玄武门之变后，秦琼称病在家十二年，这可能是他性格决定的：李世民在玄武门前杀了大哥太子建成和四弟齐王元吉（元吉是老四，玄霸是老三），然后又把十个侄子一口气杀光，这让秦琼彻底寒了心。
说起李世民弑兄屠弟逼父斩侄，也真做的实在是太过分了，三十八岁的大哥建成和二十四岁的四弟元吉，膝下的孩子能有多大？就是留下来，也不会对李世民有啥威胁，但是李世民一声令下斩草除根，负责挥起屠刀的，肯定没有秦琼，也没有程咬金，新旧两唐书都写明了参与杀戮的十大杀手：长孙无忌、尉迟敬德、侯君集、张公谨、刘师立、公孙武达、独孤彦云、杜君绰、郑仁恭、李孟尝。
在玄武门之变前，李靖和李勣已经明确表态不掺和，秦琼和程咬金也没有出现，所以尉迟敬德张公瑾等人打得很辛苦，差点被建成元吉的三千人马包了饺子，如果秦琼程咬金都在，根本就不怕太子建成部下的悍将薛万钧薛万彻--这兄弟二人联手，尉迟敬德也未必能打赢。
