起因是丞相公孙贺之子公孙敬声，被人告发用巫蛊咒汉武帝、与阳石公主通奸，公孙贺父子下狱死；诸邑公主与阳石公主、卫青长子卫伉皆坐诛。
按说，事情可以到此为止了，但或是汉武帝疑心还有刁民要害他，或是汉武帝发现还没找出真相，于是又命令江充为绣衣使者深挖巫蛊之案，至此巫蛊之祸正式爆发，主要分为两个阶段。
第一阶段：太子刘据之死。
江充与刘据有矛盾，又牵扯到太子之争，就与韩说、苏文等人诬陷刘据谋反。此时，汉武帝待在甘泉宫，除了江充等人谁也见不到，刘据恐惧之下，起兵诛杀江充，后来遭到汉武帝镇压兵败，皇后卫子夫和太子刘据相继自杀，刘据儿孙相继遇难，除了还在襁褓之中的刘病已。
