不过秦琼虽然能够在乱军中救下李密，却不能在李渊手中救下他。由于秦琼的勇猛，和他的名声越来越大，当李密战败，秦琼等人被王世充擒获后，王世充厚待秦琼，而秦琼则认为王世充是小人，在和唐军交战中狠狠的打了王世充一巴掌。
当时唐军和王世充对阵，秦琼带着程咬金单枪匹马的跑出了一百步，然后跪别王世充，完了之后直奔唐军大营投奔李渊，王世充等人只能默默的看着这一切，而不敢上前追击。这也间接的体现了秦琼的厉害。
在史书上还有这样的记载：秦琼在李世民的帐下作战时，只要是看到敌将前来耀武扬威，李世民就让秦琼前去击杀，就算敌将撤退回军，秦琼也会取敌于万军中，每每都能成功。不过也正是因为秦琼总是万军中取敌将首级，导致了身上受了很多的伤，也是去世最早的凌烟阁功臣。
后来的李世民弄出来两个门神来守护他自己，尉迟恭和秦琼，很显然因为他们两个人太厉害了，导致李世民用他们的画像来震慑一些不存在的东西。不过值得一提的是，尉迟恭是打不过秦琼的，以前被秦琼见一次打一次，直到尉迟恭投奔了李世民才终止。
