后来的李密加入到瓦岗阵营中，用计谋把张须陀击杀，秦琼则突围而出，带领着残余的人投奔了裴仁基，而裴仁基又投奔了李密，直到这个时候，秦琼才算是瓦岗寨的一员，以前的他还是瓦岗寨的敌人。
李密见到秦琼投奔自己，非常的高兴，把他任命为帐内骠骑，虽然是将军，从名字上看，总有李密保镖的意思。而秦琼这个保镖也非常的尽责尽责。
李密和宇文化及作战的时候，一个不小心被箭矢击中，李密当即落马，乱军之中，跌落下马，如果没有什么意外，只能去地下报道了。
眼看宇文化及的人就要追上来击杀李密，秦琼一个人调转方向，朝着李密那里冲了过去，在敌人的追击之下，还能够反方向的冲锋，这就不是一般人能干的事情，而且秦琼还把李密成功的救了出来。
