皇上见到马周，看到他虽一袭布衣，但是气质非凡，于是就拿政事向他咨询，他侃侃而谈，见解卓异，令皇上无比叹服，于是皇上任命他到门下省做官，不久又提拔他做了监察御史，后来还让他做了尚书。马周做了大臣，向皇上提了两条重要的建议，一是善待太上皇，一是不要随便赏赐功臣官职。这两条皇上都予以采纳，显然这对当时政局的稳定，对中央集权都有很大的作用。
马周还帮助皇上总结历代王朝灭亡的教训，他指出，很多朝代之所以灭亡了，一是不珍惜物力，挥霍无度，一是丧失民心，一是皇帝昏庸，宠信奸臣。马周还特别讲到隋炀帝的灭亡，指出炀帝挥霍浪费，失去人心，最后才导致惨败。李世民非常赞同，并把这些教训谨记心中。
马周做了京官，就想买房子安顿下来。有一个富豪知道他的家底，故意那拿二百万的豪宅要卖他，想借以戏耍于他。这事让皇上知道了，居然就下令用国库里的钱买下那处豪宅送给马周，皇上对他的器重也就可见一斑。马周受到这样的恩典，当然会拼命为国效力，他只有四十八岁就得了不治之症。皇上亲自命太医去给他治病，还命太子去探病。临终，马周把自己的奏折全部焚毁，他说："我不能学管仲之辈以彰显君王的过错来赢得自己的名声。"马周去世后，皇上为他举行国葬，并把他葬于自己的陵寝一旁。
