乌斯藏、朵甘两个都司辖区包含青藏高原大部分地方。元朝时期，这里归宣政院管辖。明朝建立后，当地土官主动上交元朝印信。洪武帝用乌斯藏、朵甘两个都司取代宣政院进行管辖。为笼络他们，还册封了五个大法王。嘉靖中期，占据河套的蒙古俺答汗部出兵青海，并成功立足，是为青海土默特部。青海土默特部的存在，实际上阻隔了乌斯藏、朵甘与明朝的联系。1637年，蒙古和硕特部占领整个青海。五年后，和硕特人占领整个西藏、建立起政教合一的和硕特汗国。至此，乌斯藏、朵甘两个都司彻底退出历史的舞台。
五、云南布政司下属的"三宣六慰"
云南布政司分为云南本土与中南半岛上的宣抚司、宣慰使司两部分。云南本土是中央直辖、流官统治，中南半岛部分继承自元朝、由土司掌握、中央进行羁縻统治。1441年，麓川土司思任法叛乱。历时八年，明朝才将之镇压下去。此后，朝廷忙于北方、无暇西顾。乘此机会，缅甸东吁王朝和泰国素可泰王朝北上对三宣六慰进行蚕食。等到明朝末年，三宣六慰基本沦丧，云南布政司管辖范围已经与今天没有大的区别。
六、奴儿干都司
东北自古以来就是中国的领土，唐、辽、金一直对此进行管辖。元朝统一后，在此设立辽阳行省。明朝攻占辽东后，设立了辽东与奴儿干两个都司。辽东以外的土地归奴儿干都司管辖，下属诸卫所指挥使由当地贵族充当。奴儿干都司的设立，巩固了明朝在东北的统治。明朝末年，建州卫指挥使努尔哈赤羽翼丰满、起兵造反。在攻占辽东、消灭海西女真后，努尔哈赤实际上断绝了明朝中央与东北诸卫所的联系，东北不复存在于明朝版图上。
