蓝玉经常统率大军，战功卓著，因此受到朱元璋的厚爱，但是蓝玉却不知道韬光养晦，收养很多义子横行霸道，抢占百姓民田，北征南返时因为守城官兵未能及时开城，结果蓝玉干脆破关而入，种种作为让朱元璋很不高兴，从此很少听取蓝玉的建议。而等到1393年锦衣卫告发蓝玉谋反，诸多侯爷和当朝大员都被牵扯进其中。致力于加强中央集权的朱元璋心中不安，于是乎将蓝玉逮捕下狱，将他剥皮植草，吵架没财，夷灭三族，被牵连而杀者一万五千多人，这就是史上著名的蓝玉案。
值得一提的是蓝玉是太子朱标的舅父，因此私交甚笃。有一次蓝玉北征蒙古班师回朝，见到朱标后，神情郑重的说：我看燕王朱棣在驻地的举动和皇帝没什么两样，他早晚要造反，我找人给他望气，有天子气象，大外甥你可得小心啊。朱标笑笑，没当一回事，而蓝玉又解释道：我和你关系密切才说这句话，只是希望不灵验。没想到后来朱棣真的谋反，也就是所谓的靖难之役，如果做皇帝的不是朱允炆而是朱标，靖难之役还会发生么？
