而没过两年，蓝玉又要故地重游，和老搭档沐英，傅友德领兵三十万征讨云南，结果还没攻城就拿下昆明，蓝玉攻陷大理，从此盘踞在云南的元朝势力全部消除。1387年蓝玉被明太祖拜为征虏左副将军，随同大将军冯胜向北攻击元朝太尉纳哈出，听说庆州有元兵驻扎，因此蓝玉带着轻骑冒着大雪杀奔而来，击杀平章果来并抓住了他的儿子，元朝人马全部投降。而等到明军抵达金山，纳哈出假装投降被识破，当场将其生擒。而此时恰好冯胜获罪，因此蓝玉被任命为大将军，在蓟州屯兵。
经过休整后，1388年蓝玉率领明军十五万之众继续北征，听说元主在捕鱼儿海，就星夜兼程追赶，但是怎么也看不到敌兵的踪影就想撤退，多亏王弼劝说，蓝玉下令军队原地休息，发现敌军在东北八十里处，蓝玉趁着风沙大掩杀，元军仓促应战顿时大败，太尉被杀，部众投降，仅有元主与太子数十人逃走，这一战基本上摧毁了元朝的机构，因此蓝玉被朱元璋封为凉国公。此后蓝玉奉命在西川督建城池，讨伐西南和西北的叛乱，多次建功。
