在当时，平均主义口号和政策的发布，毋庸置疑会赢得广大农民的热烈拥护，"从自成者日众"，短短一年时间，李自成的队伍就发展为百万大军。但绝对平均主义在现实中是不可能真正实现的。赋税是国家机器存在的基础，在农业社会，不征赋、不派役，百万起义大军就没有粮饷，大顺政权的机器就无法运转。没收官府库存和明宗室的大量财物，只能救一时之急，无法解长期之需。农民军虽曾实行屯田，也曾颁布一个征粮的办法，但并没有普遍推行于所有占领区，也没有长期坚持下去。所以，收入不足以支付庞大的支出。因此，攻占西安之后，大顺政权就采取追赃助饷的办法，严刑拷打迫使官绅交出财产，以充军费。在关中的渭南，乡绅南氏曾被责"饷百六十";在河南，大顺政权的官员"下车即追比助饷。凡有身家，莫不破碎，衣冠之族，骚然不得安生。甚则具五刑，而死者比比也"。这种做法，不仅造成社会混乱，人心动荡，更严重的是将明朝的官绅乃至士大夫推向绝路，坚决站到明王朝一边，与大顺政权顽抗到底。攻占北京后，大顺政权不仅没有进行政策调整，反而将追赃助饷推向高潮，"其输饷之数，中堂十万，部院、京堂、锦衣七万，或五万、三万，科道、吏部五万、三万，翰林三万、二万、一万，部属而下，则各以千计矣。勋戚之家无定数，人财两尽而后已"，此举更使明朝大批官绅士大夫倒向清王朝或南明的弘光朝廷。吴三桂之所以在投降大顺政权后又叛清，重要原因就在于其父吴襄在北京城破后被逮捕"索饷二十万"，加上怒闻其爱妾被李自成部将刘宗敏掠去。
李自成出生于贫苦农民家庭，从小没有受过教育，没什么文化，并不熟知前朝开国皇帝如刘邦、朱元璋等任用知识分子夺取天下的历史经验。加上在那个"学而优则仕"的时代，读书人一旦高中，到衙门里做官，就摆起架子，作威作福，欺压百姓，李自成对此不免心生厌恶。以至起义后很长一段时间里，他对知识分子采取一概拒斥的态度。崇祯十五年甚至还发生劓(削去鼻子)、刖(砍去双足)襄城诸生的事件。这种粗暴的做法，无异于为渊驱鱼，把知识分子都推向敌对营垒。此后，李自成三围开封，开封的士大夫都站到官军一边，同起义军对抗到底。二围开封期间，推官黄澍便在曹门竖起白旗，上书："汴梁豪杰，愿从吾游者，立此旗下。"开封城里"郡王、乡绅、士民、商贾无不愿入社"，其中的"士民"就包括不少士大夫。
崇祯十五年夏秋，起义军已基本在占领的各个府县设置地方政权，急需大批文化人充当行政官员。当年年底，李自成"始议开科河北(指河南黄河以北地区)"，"一、二等者，送吏政府选官"。但这时的开科取士带有强迫性质，士子没有拒绝参加科举的自由。崇祯十六年正月，湖北德安府"遍拘诸生"参加考试，就有"宁投水不赴者";在河南汝宁县，"伪官金有章下令考试茂才授职，规避者，处以极刑";在陕西，应试者若"不应，则逼而致之"。河南人李模回忆他参加农民军的科举说："……先期榜示曰：'有不预试者，屠其家。'不得已皆出。试之日，有激愤为文大骂者，有感伤为文痛哭者，有畏祸勉应故不成章者，自成怒曰：'我剪尔辈如刈草，但我方施仁义，且杀之不武，只杀其骂与哭者，其故不成章者皆裁去耳鼻，俟一统开科禁锢终身。'"李模大概属于"故不成章者"，结果"鼻耳皆裁去"。
除了开科取士，李自成虽也依靠牛金星等人陆续招募一些明朝进士，担任中央机构的官职，但也只是让这些归顺的进士担任具体的行政职务，未曾任用他们充当谋士顾问，说明他对高层次的知识分子还是心存疑忌。即使崇祯十七年攻占北京后，李自成也只录用四品以下的明朝降官，"三品以上独用故侍郎侯恂"，那是因为侯恂被崇祯关进了监狱，以为他必定恨透明王朝，可为农民军所用。不仅如此，李自成还规定，所有大顺政权的文官一概受武将即起义农民将领的节制。就是这些被任用的明朝降官中，李自成也从未认真征询过他们对天下大势及治国治军的意见。其实，这三千名降官中，不乏对全国形势有清醒认识并具治国治军才干者，其中有的后来降清，就被清廷擢任六部尚书甚至大学士，为清廷剿灭农民军和南明的抗清武装、确立统治地位立下了汗马功劳。
