在袁世凯死后，黎元洪在表面上是北洋政府的当家人，可是明眼人都知道实际掌控北洋政府的是段祺瑞，当时北洋体系也没有实现真正意义上的分家，北洋政府的政令，北洋军阀也基本会响应。同时，当时国人因为袁世凯的称帝事件，对北洋政府的好感度已经降到最低，南方革命党的声望则在逐渐增高，此时的北洋体系最好的应对措施是继续抱团，用绝对的力量保证自己绝对的政治地位。因此，当时北洋体系里实力最强的段祺瑞应该算是北洋各系军阀认可的当家人。
北洋体系真正意义上的分家始于"府院之争"。段祺瑞架空黎元洪，并对是否对德宣战产生纠纷，最终黎元洪愤然辞职，冯国璋入京任代总统。段祺瑞仍然想继续掌控北洋政府，可是这时的代总统冯国璋并不是空架子黎元洪，段、冯为争夺控制权而继续"府院之争"，因为段、冯矛盾的加深，北洋体系开始分化，即分化成以段祺瑞为首的皖系与以冯国璋为首的直系，此时奉系也处于形成的过程中。
北洋体系的分裂，从本质上说，是因为各系军阀自持手中的军权，试图成为昔日的袁世凯。但是，他们又没有袁世凯曾经的威信，毕竟北洋体系是袁世凯亲手创立。他们曾经同属于袁世凯的阵营，段祺瑞和冯国璋又是"北洋三杰"中的人物，更是谁也不服谁，即使段祺瑞是袁世凯指定的人。因此，北洋体系的分裂是迟早的事，更是必然的事。
