而这个时候，"奴儿干"实际已经由一个"机构"变为泛化的 "地理概念"，万历《大明会典》记述，"奴儿干都司，卫三百八十四，所二十四，站七， 地面七，寨一。"，其实万历年间的奴儿干都司几乎已经不存在了，所以这里不是说"奴儿干都司"负责管辖这么多卫所，而是说，"奴儿干都司"这个地域分布着这么多卫所。
类似汉代的西域都护府，唐代的安西都护府，设立奴儿干都司是明王朝鼎盛时期的壮举，象征着强盛的国家实力与奋力开拓的国家气度，然而沧海桑田，今日的奴儿干城已经不在，只剩下永宁寺碑的碑文诉说着明王朝当年的强盛辉煌。
"（宣德）七年，上命太监亦失哈同都指挥康政率官军二千，巨舡五十再至。民皆如故，独永宁寺破毁，基址有焉。究□之，其□人吉列迷毁寺者，绵悚惧战栗，尤之以戮。而太监亦失哈等体皇上好生柔远之意，特加宽恕。斯民谒者，仍宴以酒食，给以布物，愈抚恤。于是人无老少，踊跃欢忻，咸啧啧曰："天朝有仁德之君，乃有启处之方，我属无患矣！"时众议西郭仍建原寺，敢不复治。遂委官重造，命工塑佛，不劳而毕，华丽典雅复胜于先。国人无远近。皆来顿首，谢曰："我等臣服，永无疑矣！"以斯观之，此我圣朝聪明德博，道高尧舜，存心于天下，加惠于穷民，使八方四裔、多士万姓无一饥寒者。"--《重修永宁寺记》
参考文献：
《奴儿干都司职能分析》--鞍山师范学院历史系
《论明代奴儿干都司的设置及实效性》--尹兴龙
