而在这个时期，管理的重任则落在了地方督抚的肩上，而且，当时的督抚主要由汉人担任。虽然，地方督抚要同时挑起征兵和筹备军饷两大重任，但是，军权也随之有所提高。另外，这种增长是持续的，不会轻易回落。因为，这些地方军，很容易成长为地方督抚的私家军，军队的核心领导都是自己的亲信，士兵也是从地方征募而来，听从统领的调遣，以至于，这样的军队与朝廷的"感情"并不深。
同时，这些地方军队从训练到武器，都远胜于朝廷的常备军。从这可以看出，到咸丰以后，地方总督已经有一部分人，拥有了自己的独立部队，且训练有素，战斗力很强。对于这样的军权变化，清政府也是默默的接受了。以至于，在清朝后期，大部分地方总督都拥有了自编军队。
与地方军队不断兴起产生鲜明对比的是，八旗军和绿营军却一步一步走向了衰落。虽然，晚清时期，朝廷为八旗军武装了许多先进的新型武器，但是，依旧无法扭转其走向衰落的命运。八旗军的衰落，使得其在战场上能发挥的作用越来越有限，而作为八旗军指挥官的都统和驻防将军，也基本上成了摆设。
到了清朝后期，各个边境地区纷纷改设行省制度，用总督和巡抚代替以前的将军和都统之后，形势就发生了极大的转变。在光绪年间，还有伊犁将军掌管新疆地区的军政事务的事情，但是，到了宣统年间，伊犁将军就只能管理伊犁地区的相关事务了。
