到了后来，慈禧也就离不开了他了，毕竟她也是一个感情脆弱、害怕孤独的老人。慈禧的晚年，能化解她烦恼并且最会服侍她的人只有李莲英，那时他们已经不是主子奴才的关系。更多的还是"伴"，早晚、一日三餐，慈禧都离不开李莲英，两人时常聊天到深夜。李莲英的名声如此的坏，其实也是人们无法直接批判慈禧，因此才将矛头调转。
事实上，李莲英除了贪点钱财，并未干涉过政事。毕竟按照慈禧的性格，倘若他真要有点什么，恐怕几条命都不够活的。戊戌变法时，因着谨慎，李莲英也并未鲜明的站在慈禧那边。也是因着如此，感情上，他跟慈禧到有些疏远了。只是慈禧未死，他也没法离开，光绪三十四年（1908年），李莲英办完了自己的最后一件差事，那便是慈禧的丧事。
办完后离开了生活52年的皇宫，随后去向不明，他手中有着大量钱财，想必活的不错。只是其不知为何墓中只剩下头颅，躯体不知去向，蹊跷至今无人能知。
