然而京城遭到清军袭击，朝内大臣纷纷指责袁崇焕拥兵自重，救驾来迟。有个别大臣诽谤袁崇焕和清军议和，皇帝将信将疑，然后召见袁崇焕，叫左右侍卫将他捆缚，把他关入监牢。跟袁崇焕一起来的祖大寿非常害怕，出京之后马上带领军队投降清军。
魏忠贤遗留下来的势力如王永光、高捷、袁弘勋、史范等人为逆党报仇，把谋逆一案强加在袁崇焕和大学士钱龙锡头上。司法部判袁崇焕谋反反叛朝廷投靠清军为由判死刑。大学士钱龙锡先被斩首。崇祯三年八月，在闹市中心将袁崇焕凌迟处死。袁崇焕的兄弟和妻子儿女流放到三千里之外，并抄没其家。
其实袁崇焕是被大清以反间计让崇祯皇帝确信袁崇焕谋反证据才误杀的。一代明将就这样被冤杀了，可悲可叹！
