五月十一日，大清包围锦州，锦州告急，朝廷派尤世禄代替赵率教，又任命左辅为前锋总兵官，驻守大凌河。袁崇焕认为宁远兵不能调动，只能挑选四千精锐骑兵协助，而满桂、尤世禄、祖大寿在城外作战，死伤惨重。满桂身中数箭。魏忠贤指使心腹弹劾袁崇焕不救锦州是精神颓废，袁崇焕只好辞官回乡。没过多久，熹宗驾崩，庄烈帝即位，魏忠贤被处死。朝廷又重新召回袁崇焕，任命他为兵部尚书兼右副都御史，督统蓟辽的军队，还监管管登、莱、天津的军务。
毛文龙被袁崇焕斩首，大概三个月之后，大清军队率领数十万兵马，浩浩荡荡，兵分几路人马进入龙井关、大安口。袁崇焕闻悉后督促祖大寿、何可刚等人在京守卫。没过多久，听闻赵率教战死，遵化、三屯被清军攻占，巡抚王元雅和总兵朱国彦自尽，清军越过蓟州向西进发。袁崇焕急忙领兵进入京城戍守，扎营在广渠门外。袁崇焕因兵马困顿疲乏，请求进入城内休整，木有得到标准，只能出兵与清军对战，互有伤亡。
