《明史·卷一百二十八·列传第十六》记载："十三年，长孙慎坐胡惟庸案，帝欲置濂死。皇后太子力救，乃安置茂州。"
洪武十五年（1382年），马皇后突然抱病。八月，病逝。自从马皇后死后，朱元璋一直闷闷不乐，朱标就劝谏："陛下杀人过滥恐伤和气。"朱元璋听完也没有出声第二天故意让朱标拿起放在地上的荆条。朱标见荆条上都是刺，不敢拿。
朱元璋说："你怕有刺不敢拿，我把刺拿掉，再交给你，岂不是更好？"朱标却说："上有尧舜之君，下有尧舜之民。"朱元璋一听非常生气，就举着椅子朝太子砸过来，朱标还是逃走了！朱标虽然躲开了，却因为这场矛盾大病一场。
朱元璋对朱标进行了25年的培养，然而朱标和朱元璋在一起的时候，让朱标特别憋屈，也使得朱标压力特别大，精神高度紧张，最终一场小小的风寒去世了。朱标死后，在刘三吾等人的建议下，朱元璋立年仅16岁的嫡长子朱允炆为皇太孙，朱元璋对朱标的爱，慢慢地转移到了朱允炆身上。
