虽然靠着堂哥的关系入仕，祭肜并非不学无术，他才能出众，逐渐受到刘秀的赏识，就职地方担任偃师和襄贲两地县令期间，他显示了出众的理政才能。由于长期战乱，这两地民风彪悍，强盗横行。祭肜一到，就采取雷霆手段，使得强盗绝迹，社会安定。
此时边关正处于多事之秋，外族肆虐，经常袭扰东汉边境，才智过人的祭肜临危受命，被刘秀授任辽东太守。在这里，祭肜的才能得到了充分的发挥，书写了他的一段英雄故事。
初至辽东，祭肜面对的是复杂的局面。西汉时期受创严重的匈奴，趁着汉末天下大乱时，休养生息，实力再次恢复。不仅如此，原来归匈奴的鲜卑和乌桓两个民族也崛起于北方草原，战力不俗。东汉建立后，国势日盛，这3个强大的民族就联合起来寇扰边关，烧杀抢掠，边境没有一天宁日。
祭肜到任后，先是整肃军队，训练兵士，囤积了充足的粮草，应对随时到来的战争。同时，他针对敌人来去如风的特点，派出了一队队哨兵，四处打探情报，以求提前得知敌人动向，早做迎战准备。如此一来，汹涌而来的草原骑兵没有了之前的从容，在祭肜手上吃了不少的亏。
