朱元璋迷信龙脉之说可以理解，封建社会历朝帝王都有此信仰，但朱元璋选择将祖陵依水而建，其实是一个错误的选择。公元1680年，黄河泛滥，大量黄河水涌入洪泽湖，明祖陵也因此被淹没湖底，成了一座"水下皇陵"，渐渐被人遗忘。
1963年大旱，洪泽湖水位降低到历史最低点，这座淹没了300多年的"水下皇陵"才浮出水面。经考古专家研究，确认其是失传多年的明祖陵，但很多文物都在水中损毁，明祖陵也不再是史书记载的那样雄伟，相关单位1976年起开始对明祖陵进行修复，而且修筑防水大堤，明祖陵得到了很好的保护，1996年被批准为全国重点文物保护单位。
