所以，清朝的制度一直都在变，历史教科书上介绍的"军机处"是军机处刚刚设立时期的模样，雍正时期，清朝一直对西北用兵。雍正帝设立军机处协助他处理军务，尽管设立的军机大臣都是当朝权贵，以亲重大臣兼任，但是也改变不了，军机处是一个临时机构的性质。
军机处设立之初，大部分官员都是兼任，连个正式衙门都没有，军机大臣干的事情说起来是决策军国大事，实际上没有任何决策权，只有建议权，说白了，军机处就是皇帝的秘书机构，是加强中央集权与专制皇权的一个部门而已。
到乾隆以后，军机处的地位不降反升，其职责几乎无所不包，成为全国政事的中枢，和珅担任军机处领班大臣的时候，已有尾大不掉之势，到嘉庆时期，军机处已经成为拥有一定全力的宰辅机构。
1861年辛酉政变后，奕欣被授予议政王，在军机处担任领班大臣，军机处的权力大大提升，后来慈禧在1884年，借着中法战争失利的机会，将奕欣等军机大臣全体罢黜，把他及其势力从军机处和总理衙门全部清洗出去。 更换了醇亲王奕譞、礼亲王世铎、庆亲王奕劻等管理军机处。
