在他晚年时期，他更是爱好杀人，死在他手里的，最少有十万人，就是因为他杀人太多，所以怕自己死后被人报复，所以就在临死之前，留下了遗旨，目的就是为了保护他的陵墓。
在他驾崩的时候，当时城门全部大开，每个城门都有棺椁出来，最后也不知道这些棺材被埋到了哪里，虽然古代帝王，大多会设置疑塚，不过朱元璋没有，他的整个葬礼，都充满了神秘感，以至于最后，大家都不知道他是不是真的在明孝陵。
有不少的历史和考古的学家，就曾经利用精密仪器去勘察明孝陵，取得了不少的研究成功，因为明孝陵花费了大量的人力物力不说，还是他伉俪情深的马皇后的安葬地，所以，很可能他真的在这里。
明孝陵的墓道不像别的帝陵墓道，是直接通到棺材地的，明孝陵用的是弯曲的墓道，根本不知道真正的棺材在那里，不过到了近现代，武器也越来越精良，不过要是那些盗贼们用现代化武器，就会惊动南京警方，所以盗贼们有所顾忌。
在清朝政权稳定之后，他们对历代帝王的陵墓，都加以保护，所以明孝陵也有幸被保护。
